知网查重后留痕迹的主要原因在于查重系统会记录文档的特征信息，包括文字结构、语法风格等，导致后续查重时能够追溯到原文。为避免留下痕迹，可尝试对文档进行适当的改写，调整语句结构和词汇选择，以增加文档的独特性和原创性。此外，也可以尝试使用专业的反查重工具对文档进行处理，去除可能留下的痕迹。

另外，避免直接复制粘贴他人文档内容是防止知网查重后留下痕迹的有效方法。建议在写作过程中注重自身的思考和创作，保持原创性。同时，及时保存文档的版本记录，以备查证。对于已经查重过的文档，可以考虑对关键部分进行重新撰写，增加个性化的表达，减少与原文的相似度，从而降低留下痕迹的可能性。