本科论文查重的方法有很多种。首先，可以利用各类查重软件，如Turnitin、iThenticate等，这些软件可以帮助检测论文的相似度，并给出详细的查重报告。其次，也可以采用手工查重的方式，逐字逐句地对比原文和论文，发现相似之处并进行修改。此外，还可以引用大量的文献资料，增加论文的独立性和原创性，避免相似度过高的情况发生。

为了有效避免本科论文查重时出现相似度过高的情况，除了采用查重软件和手工查重的方法外，还可以注意以下几点。首先，及时引用文献资料，并正确标注引用出处，避免被误认为抄袭。其次，保持良好的学术习惯，不要直接复制粘贴他人的观点和文字，要有自己的思考和总结。最后，可以多次修改论文，不断优化内容结构和表达方式，确保论文的独特性和原创性。这样才能有效避免论文相似度过高的问题。